Приймати пробіотики рекомендується з першого дня антибіотикотерапії. Між прийомом ліків і пробіотика має пройти не менше 2-х годин. Це захистить корисні бактерії від згубної дії антибактеріального засобу.
Звичайне лікування антибіотиком триває протягом двох-трьох тижнів, а відновлювальний пробіотичний курс повинен бути в три рази довше, тобто необхідно продовжувати пити пробіотики і після антибіотиків.
Разом з антибіотиками і пробіотиками бажано вживати пребіотики – харчові інгредієнти, що стимулюють ріст і життєдіяльність корисної мікрофлори за рахунок утримання прибутків в кишечнику. Вони містять речовини (лактулозу, інулін, олігосахариди), які активізують розмноження корисної біоти.
Натуральні пребіотики містяться в свіжих молочних продуктах, крупах, хлібі, бобових, неочищених злаках, фруктах і овочах, інулін, в клітковині і висівках. Фармацевтичних препаратів і БАДи з пребіотиками приймають по 30 мл вранці натщесерце за 30 хвилин до їди. Вони сприяють виведенню з організму продуктів розпаду, що виникають внаслідок порушення травлення, супроводжуючого синдром надлишкового росту бактерій.